阿賴耶識（ālaya-vijñāna）不是佛教以前古印度哲學裡已經成熟存在的一個概念。就目前佛教思想史研究來看，它是佛教內部為了解決一系列教義困難，而逐步發展出來的概念，最早成熟出現在瑜伽行派／唯識系統的早期經典，尤其《解深密經》（Saṃdhinirmocana-sūtra）。
更精確地說，它不是無中生有。它有一條很長的佛教內部前史。
早期佛教本來只有六識：眼、耳、鼻、舌、身、意。可是很快會碰到一個麻煩：
如果每一剎那的心識都生滅，昨天造的業，怎麼可能在十年後結果？
如果人在深定、睡眠甚至某些無明顯意識活動的狀態下，心識看似中斷，生命與業的連續性由什麼維持？
這就是後來阿賴耶識要處理的核心問題之一。
在部派佛教階段，已經出現好幾種競爭性答案。例如經量部發展出種子（bīja）、熏習（vāsanā）一類理論：過去行為留下某種潛勢，條件成熟後再現行。現代研究也普遍認為，瑜伽行派的種子理論與經量部思想之間存在明顯的思想前史。
但是那時候還未必需要設立一個完整的「第八識」。
真正關鍵的轉折，是《解深密經》。
這部大概形成於西元二、三世紀前後的早期瑜伽行派經典，已明確提出一種深層、持續運作的識；它使用幾個彼此相關的名稱，包括：
阿陀那識（ādāna-vijñāna，執取／維持身體之識）
阿賴耶識（ālaya-vijñāna）
一切種子心／具一切種子之識（sarvabījaka）
《解深密經》因此通常被視為阿賴耶識理論最早的重要經典根據之一。
然後到了無著（Asaṅga）的《攝大乘論》與瑜伽行派論書中，這個概念才真正被系統化：
經驗 → 熏習 → 種子進入阿賴耶識 → 種子成熟 → 再形成新的經驗與行為。
所以它是一個循環：
現行熏種子，種子生現行。
後來唯識學才進一步整理成我們熟悉的「八識」：
前五識
＋第六意識
＋第七末那識
＋第八阿賴耶識
但要注意，這種乾乾淨淨的「八識表」，其實是後來體系化後的結果，不應倒投回最早期佛教。
而你問的第二半特別重要：
那它會不會其實來自佛教以前印度的「梵我」思想？
有相似問題意識，但不能直接說阿賴耶識是從奧義書的 ātman 搬過來的。
奧義書確實早已有：
ātman（我、真我）
Brahman（梵）
內在不變的主體／生命根據
這些思想比成熟的唯識學早得多。
所以從外表上看，非常容易產生疑問：
你佛教不是說無我嗎？
現在搞一個最深層、持續存在、保存一切經驗與業種的「阿賴耶識」，這不就是偷偷把 ātman 搬回來嗎？
這個批評從古代印度佛教內部就已經存在。
而瑜伽行派的回答是：
不是。
因為阿賴耶識不是一個永恆、不變、自主的主體。
它仍然是：
有為法、緣起法、剎那生滅、可以轉變，而且最後必須轉依。
SEP 對這一點也特別強調：瑜伽行派雖然發展了阿賴耶識，仍否認有一個 enduring and stable subject of experience；它仍然站在佛教的無我框架裡。
所以：
ātman 是「最後不能再拆的我」。
而理論上的阿賴耶識反而是：
連最深層的心理連續性都還可以拆。
這個區別非常重要。
而且這裡正好接到我們剛才談「清淨的東西在裡面」。
如果把阿賴耶識理解成：
最深的地方藏著一個真正的我。
那其實已經不是正統唯識的阿賴耶識了。
阿賴耶識本身甚至不是純淨的。
它恰恰是：
藏污納垢。
善種子在裡面，惡種子也在裡面；過去經驗留下的熏習通通進去。
所以它和如來藏在概念氣質上其實很不一樣：
阿賴耶識：為什麼污染與業力能夠延續？
如來藏：污染之下，為什麼仍然可能成佛？
一個首先是在解釋continuity of conditioning；
另一個是在解釋possibility of awakening。
後來《楞伽經》等經典把兩者往一起拉，才開始出現「如來藏＝阿賴耶識」或二者如何關聯的大問題。
所以如果把思想史壓成一條線，我會這樣畫：
奧義書：
ātman——有沒有一個永恆的真我？
↓ 佛陀反對
早期佛教：
無我＋緣起＋六識
↓ 產生難題
部派佛教：
既然無我，業與人格怎麼跨時間延續？
↓
種子、熏習、心相續等多種理論
↓
《解深密經》／早期瑜伽行派：
阿賴耶識
↓
無著、世親系統化：
種子—熏習—現行＋三自性等
↓
後期唯識／如來藏交會：
阿賴耶識與如來藏究竟什麼關係？
所以我的答案很明確：
阿賴耶識不是佛教前古印度哲學留下來的一個現成概念；它是佛教堅持「無我」之後，為了解決「沒有一個我，生命與業為何仍然具有連續性」而發明出的極其精巧的理論裝置。
而這也正是它最危險的地方：它原本是為了防止重新建立一個「我」，最後卻極其容易被理解成一個藏在最深處的「真正的我」。
這一點，我覺得正好可以接著談你之前問過的 bhavaṅga-citta（有分心）與阿賴耶識：兩者都在回答「表層意識不活動時，心理連續性究竟靠什麼維持？」但兩條佛教傳統給出了很不一樣的答案。