清場
清場令
6月1日，李鵬向中共中央政治局提交《關於動亂的實質》報告，指稱示威群眾為恐怖分子和反革命分子[179]，還指出抗議學生並不打算撤離天安門廣場，同時示威活動也獲得廣泛支持[180]。隨後國安部也提交報告，強調資產階級與自由主義已滲透到中國各處，西方觀念給學生帶來負面影響[181]。國安部亦認為美軍部隊介入學生運動，期望藉此推翻中國共產黨的統治[182]。這份報告在中國共產黨黨內成功營造出脅迫感，為之後的軍事行動提供理由[181]。同時中央政治局也收到戒嚴部隊指揮部的報告，指出部隊已經做好協助穩定首都現狀的必要準備。種種因素讓大多數中央政治局委員接受了戒嚴的必要性和合法性的說法，也同意之後藉由武力清場以解決政治危機的方案[183]。
6月2日，隨著學生的抗議運動有所增加，中共高層以武力解決政治危機的看法更加鞏固。同日，中共高層再度召開會議，最終同意實施清場以「能夠結束暴亂並且恢復首都秩序」[184][185]。他們一致認為應盡可能和平地完成天安門廣場的清場任務，但如果示威群眾不願配合的話，部隊也被授權得以使用武力完成任務。國內報紙當天還報導軍隊部署於北京市十大重要關鍵地區[168][172]。
6月3日下午4時30分，李鵬、喬石和姚依林3名政治局常委會見軍方領導人、中共北京市委書記李錫銘、北京市長陳希同和國務院秘書長羅幹[186]，最後確定有關戒嚴實施的具體辦法[184][187]。會議確認將事件定性為「反革命暴亂」，必須果斷採取強硬措施扭轉局勢。會議決定當日夜採取行動，「由周衣冰同志統一指揮解放軍和武警部隊力量，迅速開進天安門廣場，堅決執行戒嚴任務」[188]。在清場的當天晚上，中共領導人分別於人民大會堂和中南海監督執行狀況[184][189]。
木樨地衝突
6月3日晚間，國營電視臺陸陸續續警告北京市居民留在室內[190][191]；但受到前兩週成功阻擋軍隊的激勵，大批市民仍然走上街頭以阻止部隊行進[192]。中國人民解放軍部隊從北京市各個方位逐步向天安門廣場推進，分別由第38集團軍、第63集團軍和第28集團軍負責西面；空降兵第15軍、第20集團軍、第26集團軍和第54集團軍負責南面；第39集團軍和衛戍第1師負責東面；以及第40集團軍和第64集團軍負責北面[175]。大約晚上10時，第38集團軍在廣場西方約10公里的長安街五棵松十字路口，開始向示威群眾開槍[4][175]。群眾對於軍隊下令實彈射擊感到驚訝外，轉而開始向部隊丟擲物品[175]。當天晚上，32歲的航太技術人員宋曉明成為首位經證實的死者[175]。之後軍隊遭指控使用射入人體會碎裂，進而造成嚴重創傷的達姆彈[22][193]。 10時30分，由於民眾將雙節無軌電車推到路上並放火焚燒，行進中的軍隊被迫暫時停在天安門廣場西側約5公里的木樨地，試圖清除這些臨時路障[194][195]。住在附近公寓的居民亦出面試圖攔阻軍方車隊，但第38集團軍再度開火，並造成重大人員傷亡[22][83][189]。根據天安門母親運動調查後提出的死者報告中，共有36人在木樨地死亡[189][4][194]。另外士兵還向木樨地附近的公寓開火，造成在建築陽台或室內有人因而遭到槍殺[162][189]，這包括數名在公寓觀察事態發展的中國共產黨高級黨政官員[189]。第38集團軍最後以裝甲運兵車將電車車廂撞開，並持續與嘗試倉促搭建路障或組織人鏈的示威群眾對峙[189][196]，之後部隊行經長安街經過南禮士路、復興門、西單到天安門期間都有造成傷亡[175][197]。而負責南面的空降兵第15軍傘兵也使用實彈進行射擊，並且在珠市口、天橋和前門等地也造成平民傷亡[4]。但是亦有說法認為該類說法均為遠距離觀察導致的失真，在現場的CBS記者理察·羅斯也稱並未有士兵開槍，而僅僅試圖驅散人群，這使得究竟是否發生開槍事故存疑。[198]
有說法稱部隊使用實彈進行射擊並且造成死傷反而激怒北京市的居民，其中一些人開始以棍棒、石塊和自製的汽油彈攻擊士兵[199]，甚至縱火焚燒軍車[200]。中國大陸當局以及其支持者表示軍隊主要是為了自我防衛而動用武力，並且提出部隊的傷亡證明使用武器正當，而在報告中便有士兵在街上遭到活活燒死或者是被其他人毆打致死的紀錄[201]。而根據吳仁華的研究指出在6月3日晚上10時軍方開火後群眾才開始向部隊做出反擊[202][203]。不過在驅離過程中，亦有學生和居民試圖保護遭暴徒攻擊的士兵，而大多數的軍事單位則拒絕向平民執行開槍命令[204]。
進駐天安門
群眾使用木板車運送傷員。
晚上8時30分時，由於軍隊的直升機出現在天安門廣場上空使得示威學生在各個大學校園呼籲學生加入其行列。晚上10時，示威學生依照預定時間在民主女神的基座附近舉辦天安門民主大學的成立儀式[205]。但是10時16分時，由政府控制的擴音器警告說部隊可以在實施戒嚴期間採取任何強制執行的措施[205]。晚上10時30分，隨著看見軍隊以實彈射擊的目擊者陸陸續續從北京市區西側和南側進入天安門廣場，在天安門廣場上的示威學生與群眾也瞭解到有關暴力事件的消息[205]。在午夜時分，學生擴音器則宣布一名學生在靠近中國人民革命軍事博物館的西長安街遭到殺害，這使得待在廣場上的群眾陷入憂鬱情緒[205]。學生指揮部副總指揮李錄隨即要求學生保持團結，並且堅持以非暴力的手段以爭取繼續佔領天安門廣場[205]；凌晨0時30分，吾爾開希則指控一名北京師範大學女學生在晚間離開校園後遭到殺害，之後吾爾開希便因為突發昏厥而被救護車帶離廣場[205]。而在這時候，仍然有70,000人至80,000人繼續留在天安門廣場上[205]。
大約凌晨12時15分，軍方開始發射照明彈以提供夜間照明[206]，並且第一輛63式裝甲運兵車自天安門廣場西側出現並且從廣場前的道路快速通過[205]，大約五分鐘後出現第二輛裝甲車，兩者均往東長安街駛去[178]。凌晨12時30分左右則有2輛裝甲運兵車抵達天安門廣南側，學生便陸陸續續向軍方車輛丟擲水泥塊[205][207]。之後其中一輛裝甲運兵車突然發生故障而無法移動，示威群眾便用棍棒破壞車輛並且以澆上汽油的棉被放火焚燒。而因為車輛遭到焚燒而緊急逃出的3名乘客則被示威群眾毆打，但學生則組織警戒線並且護送3人到位於廣場東側中國國家博物館的急救站醫治[205]。之後在承受極大壓力的情況下學生領袖曾經一度放棄非暴力手段並且準備展開報復行動[208]，其中柴玲便曾一度使用擴音器呼籲學生準備對抗「無恥的政府」[208]。但最後她和李錄同意繼續維持和平手段的做法，並且沒收學生所持有的棍棒、石塊和玻璃瓶等可能被視為武器的物品[208]。
凌晨約1時30分，第38集團軍和空降兵第15軍的隊伍前沿分別到達天安門廣場的南北兩側[209]。他們開始封鎖天安門廣場四周並且將裡面的示威學生和前往支援的居民分隔開離，而在過程中也殺死數名示威群眾[23]。同時第27集團軍與第65集團軍從天安門廣場西側的人民大會堂出現，而第24集團軍也於東側的中國國家博物館開始進行部署[208][210]。在遭到軍隊包圍之後，數千名仍然留在廣場上的示威學生與群眾則開始往廣場中央的人民英雄紀念碑聚集[211]。凌晨2時後，部隊開始嘗試對人民英雄紀念碑旁的示威群眾施加壓力[212]；而學生廣播則不斷呼籲軍隊放棄使用武力，並且提到：「我們是和平請願，是為了祖國的民主自由，為了中華民族的富強，請你們順從人民的意願，不要對和平請願的學生採取武力……[209]」大約凌晨2時30分，幾名工人則開始在人民英雄紀念碑架設其從裝甲運兵車上拆解的機槍，並且發誓要向殺害許多示威群眾的部隊報仇[213]。之後在侯德健勸說下工人們選擇放棄武器[213]，而劉曉波則在紀念碑的欄杆公開砸壞另外一枝沒有子彈的步槍以重申非暴力運動的立場[213]。
群眾撤離
之後曾在木樨地看見軍隊槍殺民眾的北京高校學生自治聯合會常委邵江呼籲由知識分子帶領示威學生與群眾撤離廣場，並且表示已經有太多人喪生。劉曉波原本表示不願意撤離廣場，但最後仍被說服並且和周舵、高新和侯德健一同與學生領袖商討撤離問題[209]，不過包括柴玲、李錄和封從德等人在聽到撤離意見後最初都拒絕撤離[209]。凌晨3時30分，在隸屬於中國紅十字會的兩名醫生建議下，侯德健和周舵同意先行嘗試與士兵進行談判[213][214]。他們隨即乘坐救護車抵達天安門廣場東北角並且與第38集團軍336軍團政治委員季新國會面[211]，季新國隨即向戒嚴部隊指揮總部轉達請求並且獲得同意為學生開闢往東南方安全撤離的通路[213][211]。凌晨4點時天安門廣場上的燈光突然熄滅，同時官方的擴音器宣布：「現在開始清場，同意同學們撤離廣場的呼籲。[209][215]」不過此時學生們則是一同唱起《國際歌》[216]，並且認為軍隊準備執行最後一項清場任務[213]。
凌晨4點30分時，天安門廣場重新開啟照明並發射一連串的紅色信號彈[178]。與此同時，部隊開始從四面八方逼近紀念碑[110][217]，隨後部隊在聚集於人民英雄紀念碑的示威群眾周圍10公尺處重新部署[217]。而侯德健回來後先是嘗試說服事先知情的學生領袖接受他與部隊的協議，在大約4時32分侯德健透過學生的廣播表示他先行和部隊達成談判[217]，然而許多第一次知道這次會談的學生則氣憤地指責他過於膽怯[217]。封從德之後則在廣播中解釋由於已經沒有時間召開緊急會議，而將以口頭表決的方式決定示威學生之後的集體行動。但儘管「堅守」的聲音比起「撤離」還要來得更加響亮，封從德仍然表示「撤離」意見較為多數而決定帶領群眾撤離天安門廣場[194]。不過大約在4時40分時，穿著迷彩服的士兵衝向人民英雄紀念碑並且破壞學生的廣播設施[217][218]；而其他部隊則毆打數十名在紀念碑旁的學生，並且扣押或者破壞他們的相機和錄音設備[217]。隨後士兵開始強制驅散在人民英雄紀念碑附近的群眾，之後也有學生和教授嘗試說服仍然堅持坐在紀念碑底層的學生離開[217]。
大約早晨5時10分學生們開始離開紀念碑，示威群眾們手牽著手往廣場東南角安排的通道撤離[110][194][219]，不過由於當時坐在廣場北部的學生頗多，因此有相當一部分學生是從廣場北側離去[217][178]。而這時軍方則要求那些拒絕離開天安門廣場的學生必須加入撤離行列[218]，除了以對空開槍的方式要求剩下的群眾撤出廣場外[217][220]，並且還調動59式戰車部隊封鎖前往廣場的道路[221][222]。而據從北側撤離的學生所說，軍隊在紀念碑北面架起機槍向學生掃
射[178]。在確認所有示威群眾都離開廣場後，軍方派遣軍用直升機運送大型塑膠袋並且命令士兵開始清理廣場[222]。北京醫護人員對香港記者說，軍隊將廣場的屍體裝進塑料
袋，由軍用直升機運走[178]。而6月4日早上6時，已經撤離天安門廣場的學生隊伍在沿著西長安街自行車車道上準備走回校園時，西單郵電局方向有3輛從天安門廣場出發的坦克發射催淚彈並且衝撞人群，造成11名學生受傷[223][224][225][226]。6月4日上午數千名先前撤離的示威群眾、清場行動中傷亡者的父母以及被政府舉動激怒的工人嘗試從東長安街重新回到天安門廣場[22]，但是當人群靠近部隊時士兵則隨即往群眾處開槍射擊作為警告[22][227]。然而由於有數人因而遭到部隊槍擊，之後暫時撤離該處的不滿群眾便又會嘗試重新前往佔領廣場空地[22][228]。之後群眾多次嘗試進入天安門廣場內，但是軍隊則持續負責管理廣場並且持續兩周都不向大眾開放[229]。
