黃仁宇對國民黨政權（中華民國政府）也有一些批評。以下是一些他對國民黨政權的觀點：
政治體制批評：黃仁宇認為國民黨政權在中國大陸統治時期存在著威權主義的政治體制。他指出國民黨政府在治理中缺乏民主機制和有效的權力制衡，導致權力過於集中、專制體制嚴重。
貪腐問題批評：黃仁宇批評國民黨政權存在廣泛的貪腐問題。他指出國民黨政府在執政期間，高層官員和政府官僚往往以個人私利為先，腐敗問題嚴重，這對國家的治理和發展產生了負面影響。
經濟政策批評：黃仁宇認為國民黨政府在經濟政策上存在問題。他指出國民黨政府在中國大陸時期長期實行的統制經濟體制對經濟發展產生了不利影響，限制了個體經濟的自由發展和創新。
教育政策批評：黃仁宇對國民黨政府的教育政策提出了批評。他指出國民黨政府長期實行的教科書編輯和教育體制，對中國歷史和文化進行了一定程度的過度簡化和宣傳，忽視了多元的歷史觀點和文化傳統。
