可以說：宋明理學大體相信「人裡面有一個本然清明、向善的根據」；但是，若把它理解成佛教如來藏那種「藏在裡面的一個清淨實體」，就會說得太快。而且朱熹與王陽明，差別非常大。
朱熹最接近的說法不是「心裡藏著一個清淨東西」，而是 「性即理」。人的本然之性，就是天理；就性本身而言是善的、純粹的。SEP 對朱熹的概括也是：他的倫理學以「原初的人性」作為人能回應善的根據，而程頤的著名公式便是「性即理」。
但朱熹會非常小心地區分：
性是純善的；心卻不等於純粹的性。
因為實際存在的「心」牽涉到氣，所以會昏、會蔽、會有私欲。這也就是「心統性情」的結構：心統攝性與情，而不是簡單地說「心本身就是一團純淨的理」。後世因此才會爭論朱子的「心」究竟應理解為本心還是氣心。
所以，如果借用你剛才那一句：
朱熹不是很願意說：「裡面藏著一顆純潔寶珠。」
他比較會說：你的性本來合於天理，但實際的心受到氣質、物欲、習染遮蔽，因此要涵養、格物、致知。
因此朱子的工夫不是「把裡面的佛挖出來」，而是窮理、涵養，使心逐漸明其本然之理。這就是為什麼他的路線最後會走向格物致知。
到了王陽明，事情就明顯向你說的「裡面有一個清淨的東西」靠近很多。
陽明說：
心即理。
再往後就是：
致良知。
良知不是從外面學進來的道德規則，而是人人本有的、當下能知善知惡的能力。陽明因此把朱熹那種「向外格物窮理」大幅度收回到心自身。學界通常也正是以「朱熹：性即理／格物致知」與「陽明：心即理／致良知」作為兩個典型。
因此如果一定要畫一條光譜：
朱熹
天理
↓
性即理
↓
心受氣質之蔽
↓
格物、致知、涵養
↓
復其本然
而陽明則更像：
心即理
↓
良知本有
↓
私欲遮蔽
↓
致良知
↓
本心呈現
這就開始與如來藏的語言產生非常強的結構相似性。
真正有趣的是：宋明理學與如來藏，都使用「遮蔽—顯現」模型
這一點我想正是你問這個問題的關鍵。
如來藏：
清淨如來藏 → 客塵煩惱遮蔽 → 去除煩惱 → 佛性顯現
陽明：
良知／本心 → 私欲遮蔽 → 去人欲 → 良知呈現
朱熹：
天理／本然之性 → 氣質、物欲遮蔽 → 涵養窮理 → 天理昭明
三者都有一個共同的動詞：
不是製造，而是復。
不是 construction，而是某種 recovery / uncovering。
所以宋明理學著名的：
存天理，去人欲
其深層結構確實很像佛教的：
去客塵，顯本性。
而且宋明理學的形成，本來就處在佛教——尤其禪宗、華嚴、如來藏思想——已經深刻改造中國思想語彙之後的世界。宋儒雖然猛烈批佛，卻也不可能回到漢代以前那個尚未經佛教洗禮的儒學。
但是有一個根本差別，我認為非常重要。
儒家的「清淨本性」有非常強的倫理內容。
仁、義、禮、智不是幻象，而是天理的展開。
所以陽明的良知會告訴你：
此事當為，此事不當為。
而佛教如果真正一路走到中觀，會對任何被實體化的「清淨本性」保持警覺。
也就是我們剛才說的：
如果你抓住那個清淨的東西，說：「找到了，這就是我的真正本體。」
龍樹很可能下一刀就把它砍掉。
陽明則未必。
他反而會說：
這正是你的良知，你不要再自欺。
這就是兩條路真正分岔的地方。
所以我會把它濃縮成一句：
如來藏說：煩惱之下有佛性；
朱熹說：氣質之中有天理；
陽明說：私欲之下有良知。
三者都使用「覆蔽—顯現」的模型；但前兩者的形上學位置並不相同，而陽明又比朱熹更接近「內在清淨核心」的語言。
甚至可以進一步說：如果把宋明理學放在我們剛才談的三自性旁邊，理學反而比唯識更容易重新把「圓成實」實體化。唯識最精細之處是：遍計脫落之後，並不一定要剩下一顆寶珠；而宋明理學很難接受最後「什麼都沒有」，因為它必須留下天理、仁、良知——一個足以承擔倫理世界的東西。
這大概正是儒佛之辨真正深的地方：不是「有沒有修養」，而是脫落到底之後，究竟允不允許還剩下一個「善」。
